Juan José Flores nace en Puerto Cabello (edo. Carabobo) el 19 de julio de 1800 y muere en Ecuador el primero de octubre de 1864.
General en jefe del Ejército Libertador, participó en la Guerra de Independencia de Venezuela, Nueva Granada y Ecuador. De este último país fue presidente en los siguientes periodos: 1830-1834; 1835-1839 y 1843-1845. Fueron sus padres Juan José Aramburu, rico comerciante español y Rita Flores, oriunda de Puerto Cabello. Su bautismo de fuego se produjo durante el tiempo de la Segunda República, cuando figuró entre los defensores de Valencia ante el sitio impuesto a esta ciudad por parte de los realistas en 1814.
En 1815, con el grado de alférez en el ejército de Apure combate en Arauca y Palmarito. El año siguiente vio acción en las batallas de Mata de Miel y de Yagual, y en los combates de Mantecal, Banco Largo y Achaguas. En 1817, ascendido a teniente participa en las batallas de Caracoles y Mucuritas. En 1820, ya como capitán, toma parte en las campañas de Mérida y Trujillo. Posteriormente, con el grado de teniente coronel pasa al ejército de occidente, mandado por el general Rafael Urdaneta, y en 1821, combate en Matícora y en la batalla de Carabobo (24.6.1821).
A fines de 1821 marcha con Simón Bolívar a la Campaña del Sur, figurando como uno de los vencedores de Bomboná el 7 de abril de 1822. Ese mismo año se encarga del Estado Mayor del Ejército Libertador y es ascendido a coronel en Cuenca (Ecuador). En 1823, se le confiere el mando civil y militar de la provincia de Pasto (sur de Colombia), librando durante dos años, diversos combates por la pacificación de esa zona.
En 1824 contrajo matrimonio con la aristócrata quiteña Mercedes Jijón y Vivanco, con quien tuvo 12 hijos. El 1 de octubre de 1826 Bolívar lo asciende a general de brigada. En 1827, tiene una participación decisiva en la derrota de las fuerzas de la tercera división grancolombiana, la cuales llegaron a Guayaquillas tras haberse sublevado en el Perú contra la política integracionista del Libertador.
El 15 de julio de 1828 envía una declaratoria de guerra al Gobierno peruano por sus ataques al Gobierno de Colombia, del cual Ecuador formaba parte. Como comandante general, Flores levantó un ejército de 4.000 hombres y lo envía al sur para respaldar la política de Bolívar.
Cuando el mariscal Antonio José de Sucre regresa al Ecuador, Flores es su segundo en la batalla de Portete de Tarquí (al sur del Ecuador) el 27 de febrero de 1829, en la cual es derrotado el ejército peruano mandado por el general José de la Mar, siendo ascendido ese mismo día a general de división. El 13 de mayo de 1830, al decidirse la separación de Ecuador de la Gran Colombia, Flores es encargado del mando supremo, civil y militar de dicha nación, hasta el establecimiento de una Constituyente.
El 30 de mayo del mismo año se celebran elecciones en Ecuador, ganando el partido del general Flores, por lo que entrega el mando que le fuera otorgado y es elegido por la Constituyente el 11 de septiembre, presidente de la naciente República para el periodo 1830-1834. Durante este primer mandato presidencial, Juan José Flores tuvo que enfrentar varios alzamientos militares.
En 1833, como un intento por controlar la difícil situación política, solicita al Congreso poderes extraordinarios, ordena el destierro de uno de los opositores de su régimen, Vicente Rocafuerte, y disuelve el Congreso, lo que produjo el estallido de dos revoluciones: la de Guayaquil y la de Quito. Finalmente, luego de sofocar otro alzamiento de menor importancia, se reconcilia con Rocafuerte , y el 19 de julio de 1834, por pacto suscrito, le entrega la presidencia de la República a Rocafuerte.
El 19 de enero de 1835, Flores triunfa en la batalla de Miñarica, como comandante general de ejército, logrando con esto pacificar al Ecuador. El 15 de enero de 1839 fue electo por el Congreso ecuatoriano presidente de la República para el periodo 1839-1843. A diferencia de su primer Gobierno, en este se experimenta una mayor estabilidad política a consecuencia de que la economía tiene una cierta recuperación, se amplían las relaciones internacionales, se extienden las relaciones comerciales con los antiguos países de la Gran Colombia y se establecen relaciones con España en 1840.
El equilibrio político conseguido por Flores se debilitó una vez que se involucró en la política colombiana para proporcionarle apoyo militar al Gobierno de Boyacá con el objeto de combatir al general José María Obando a cambio de la recuperación de Pasto de Popayán, lo cual no se pudo cumplir. El 5 de enero de 1843, se reunió el Congreso en Quito con la finalidad de redactar una nueva Constitución que quedó sancionada el 31 de mayo del mismo año. En ella, por proposición de Flores, se extendía el periodo presidencial a ocho años y se establecía la reelección con el intervalo de un mandato.
Bajo estas circunstancias, resultó electo por el Congreso para un tercer gobierno (1843-1851). En este último, la cosas no resultaron tan favorables para Flores, ya que, la Constitución sancionada en 1843 y el tributo personal de tres y dos pesos implementado, generaron una encendida oposición y alzamientos en contra de su régimen, los cuales culminaron con el Tratado de Virginia (17.6.1845) por medio del cual Flores dejaba el poder y se marchaba a Europa por dos años.
En 1846, organizó desde Europa una expedición formada por expedicionarios franceses, españoles e ingleses, con el objeto de retomar el poder, por considerar que su sucesor en la presidencia, Vicente Ramón Rocafuerte, no había cumplido lo pactado; sin embargo, esta iniciativa fue frustrada cuando el gabinete británico desistió en proporcionarle ayuda.
Durante este tiempo se rumoró con insistencia que Flores se proponía instaurar una monarquía en el Ecuador mediante la coronación del duque de Rianzare, hijo de la reina regente de España María Cristina; hecho que negó rotundamente.
A Venezuela regresó en dos oportunidades (1847 y 1857), siendo nombrado en la segunda visita general en jefe por parte del Congreso Nacional. El 27 de mayo de 1860, tras un largo exilio regresa al Ecuador. En esta ocasión, el Gobierno presidido por Gabriel García Moreno le colma de honores, devolviéndole sus bienes y encomendándole la pacificación del país.
En febrero de 1861, al lado de García Moreno, intenta restaurar la antigua República de Colombia, lo cual se ve dificultado por la ruptura de relaciones entre Ecuador y la Nueva Granada (Colombia). Durante este intento de refundación de la Gran Colombia, Flores invade el territorio neogranadino al mando de un ejército ecuatoriano, siendo derrotado por el general Tomás Cipriano de Mosquera en Cuaspud (1863).
Ante este fracaso militar, regresa al Ecuador donde continúa apoyando a García Moreno. Finalmente, muere en una campaña militar contra un ejército mandado por el general José María Urbina con el apoyo del general Ramón Castilla, a bordo del vapor Smark, sobre el golfo de Jambelí y cercano a Santa Rosa (Ecuador). Sus restos reposan desde 1866 en la catedral de Quito.
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