Fundada el 9 de octubre de 1558 por el capitán Juan Rodríguez Suárez, Mérida recibió su nombre en honor al lugar de nacimiento de su fundador (Mérida de Extremadura en España).
La ciudad fue asentada cerca de San Juan de Lagunillas, pero en 1561 es reubicada en su actual sitio con el nombre de Santiago de los Caballeros de Mérida. Posteriormente, fueron surgiendo los pueblos actuales, los cuales enlazaron con el paso del tiempo las culturas española e indígena, lo que dio origen a los rasgos indohispanos que caracterizan al merideño actual.
Juan Rodríguez Suárez no estaba autorizado por la corona española para poblar y repartir tierras. Era un oficial de la ciudad de Pamplona, que tenía como misión explorar las montañas de la Sierra Nevada para buscar oro y someter a los indios en el camino.
Rodríguez Suárez, a sabiendas de no poseer la Real Cédula que lo autorizara para la fundación, se enamoró de la tierra enclavada en una meseta ligeramente inclinada de norte a sur y limitada por tres ríos: el Mucujún al norte, Albarregas al oeste y Chama por el este. Todo esto le valió al intrépido capitán arresto y juicio en Bogotá por usurpación de prerrogativa real; fue declarado culpable y sentenciado a ser atado a la cola de su caballo y arrastrado a través de las calles hasta su muerte, para luego ser descuartizado y sus restos esparcidos sin derecho a sepultura.
En 1830 se formó la Provincia de Mérida. Más tarde, en 1856, se integra la Provincia del Táchira. En 1881 conforma el Gran Estado de Los Andes. En 1899 queda circunscrita a los términos que antes tenía como estado independiente, pero es en 1909 cuando figura como estado Mérida.
Mérida tuvo varios nombres: Mérida en Tierra de Jamuen, Ranchería de las Sierras Nevadas, San Juan de las Nieves y Santiago de los Caballeros de Mérida. Al establecerse el régimen republicano en 1831, conservó el nombre de Mérida.
Hoy día existen tres Méridas en el mundo relacionadas en su ordenamiento: Mérida Extremadura, España; Mérida de Yucatán, México y el estado Mérida de Venezuela.
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